หนังสือ ความเป็นมาของทฤษฎี แบ่งแยกดินแดนในภาคใต้ไทย เป็นงานวิจัยปัญหาความรุนแรงในสามจังหวัดชายแดนภาคใต้ โดยมุ่งทำความเข้าใจในเหตุการณ์เหล่านั้นจากประวัติศาสตร์ การให้ความสำคัญที่ประวัติศาสตร์ไม่ได้เกิดมาเพราะผู้เขียนทำงานด้านประวัติศาสตร์มากกว่าด้านอื่น หากจริงๆ แล้วมาจากการพบว่า ข้อมูลและการอธิบายของผู้คนทั้งในหน่วยงานราชการและเอกชน ทั้งสถาบันและปัจเจกชน ในปัญหาจังหวัดมลายูมุสลิมภาคใต้นั้น ขัดแย้งและไม่ตรงต่อหลักฐานชั้นต้นเป็นอันมาก ที่สำคัญคือการมีอคติในประวัติศาสตร์เรื่องปัญหาสามจังหวัดชายแดนภาคใต้นั้นมีอยู่มาก จากประสบการณ์เหล่านี้เอง ทำให้ผู้เขียนต้องการค้นคว้าว่าเราจะสามารถหาและสร้างประวัติศาสตร์ที่เป็นจริงขึ้นมาได้หรือไม่